虽然益母草在对付很多女性问题上的效果都很赞，但是对于益母草的副作用也是要引起很大关注的，因为益母草虽然有很多作用，但是它在某些方面还是存在弊端的，像是益母草含有微毒性，在动物身上实验有过致动物死亡的结果。而在益母草虽然在产后对缩宫效果很好，但是益母草却有着会让孕妇流产的潜在危机，传有实验者拿家兔做实验，而益母草确实是会造成家兔流产，所以不建议孕妇食用益母草。

据悉益母草还会导致过敏反应，传患者会表现为胸闷心慌、皮肤发红、呼吸加快。过量服用益母草膏后能出现腹泻腹痛等症状，传益母草具有肾毒性。动物实验表明，益母草可引起大鼠肾间质轻度炎症及少量纤维组织增生、肾小管轻度脂肪变，而在临床上也有人因食用益母草而导致急性肾功能衰竭的报道。

虽然益母草可以针对治疗女性身上的很多妇科方面的疾病，但是在小老鼠身上试验，却意外的发现益母草居然能促进乳腺癌的增长，而因为没有确切的资料可以证实，所以益母草和乳腺癌之间的关系也很暧昧。