第一次是在光绪二十四年八月初六日，政变当天。史料记载，前一天，光绪帝还在宫内接见日本首相伊藤博文，可这时慈禧就在幕后监视，光绪帝已经失去了自由。萧一山《清代通史》记载：“因是日有召见伊藤博文事，后在幕后监视，故未即发作。”随后，光绪帝便被控制起来。
慈禧太后召集奕匡等顽固守旧的王公大臣，对光绪帝开始了第一次审讯。据苏继祖《清廷戊戌朝变记》记载，当时，慈禧俨然太上皇一样，高坐于朝堂，光绪帝则跪在地上，并设置了竹杖。然后，慈禧大发雷霆，历数光绪帝的“罪状”。
光绪帝能怎么办呢？萧一山《清代通史》记载：“帝战栗俯伏，惟有涕泣。”第一次审讯结束。
第二次是八月初七日，政变第二天。对光绪帝的审讯紧锣密鼓。这次审讯是逼迫光绪帝表态，承认康有为等为乱臣贼子，并下旨捉拿。这真的是如刀割心，康有为等是自己一手提拔起来的维新志士，让自己否定他们，再亲自下旨捉拿，光绪帝如何能做到！
但是，面对强大的慈禧集团，光绪帝没有别的选择。资料《驿舍探幽录》记载：“呈与皇上，皇上转呈太后阅毕，仍递交皇上。皇上持此旨目视军机诸臣子，踌躇久之，始发下。”从这段描述中，我们看到慈禧的霸道，光绪的无奈。
第三次是八月初八日，政变第三天。这一次是慈禧太后要求光绪帝认罪。她找了很多证据，包括从光绪帝住处搜查到的资料。慈禧太后要让光绪帝心服口服，逐条指认。光绪帝仍然是以沉默对抗，他能说什么呢？
总之是欲加之罪。自己变法图强，为的是国家和民族的复兴，为的是大清国的强大，何罪之有！但是，他也只有沉默，一切话都是多余的。
慈禧太后认为，光绪帝不说，就是认罪了。既然犯了这么大的罪行，也只有自己出山了，这才是她的真正目的。于是，慈禧做出了最终 “裁判”：
1. 太后重新垂帘训政。慈禧太后朝臣，以光绪帝的名义，下发太后训政谕旨：“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳，慈恩训政。
仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼节，着各该衙门敬谨预备。”慈禧就这样，粉墨登场，重新把持了朝政。
2. 囚禁光绪帝。慈禧接着对光绪帝采取了措施。她命人大造舆论：“以帝疾作，宣示中外。”就是说，对外宣称光绪帝得了很严重的疾病，不能再处理政务了。于是，光绪帝被押往瀛台，完全与世隔绝，真正是“欲飞五羽翼，欲渡无舟楫”。直到光绪三十四年去世，光绪帝在这里度过了长达10年的囚帝生涯。
