一般窦性心律失常不出现临床症状，临床意义不大，不需治疗。窦性心律失常多与窦性心动过缓同时存在。只有明显窦性心动过缓的窦性心律失常，需用阿托品、异丙肾上腺素、氨茶碱等增加心率的方法治疗。对由心脏病或药物等引起的非呼吸性窦性心律失常者，应针对病因进行处理。

治疗应针对病因，无症状者可定期随访，密切观察病情。心率缓慢显著或伴自觉症状者可试用阿托品、舒喘灵口服。双结病变、慢-快综合征以及有明显脑血供不足症状如：近乎昏厥或昏厥的患者宜安置按需型人工心脏起搏器，房室顺序按需起搏器较VVI更符合生理要求。合并快速心律失常的，安装起搏器后再加用药物控制快速心律失常发作。有用程控自动扫描复律器治疗慢-快综合征，心动过缓时按VVI起搏，心动过速发作时则由VVI转为VVT，发放扫描刺激或短阵快速刺激中止心动过速发作。病窦综合征患者禁用可能减慢心率的药物。心房颤动或心房扑动发作时，不宜进行电复律。

如果窦性心律失常（特别在高血压、冠心病或老年人）以窦性心动过缓为主时，要警惕病窦综合征的可能性，要详尽观察，以防疏漏。