1948年的北平，守城的国民党108师副师长接到密令，要在北平主要的名胜古迹开掘地道或暗室，并提前埋装炸药，一旦北平失守，就同时引爆，以使共产党接收一座死城。此次行动的代号为“X计划”。
仁德医院的护士林倩如因曾被青年周伯勋搭救过对周伯勋产生了好感，周伯勋称自己是国民党军医，但他的行踪却有些诡秘。
林倩如的表弟焦志新是清华建筑系的大学生，在老师李正亭的带领下被关在国民党宪兵队严格看管的建筑设计所内日夜赶制有关北平的文物建筑图纸，据说是为了战争爆发时实施对北平重点文物的保护。但李正亭突然从北平地下党负责人章少川处得知了敌人是以保护文物为名准备爆破北平历史名胜古迹的阴谋，他决心将所有绘制的图纸藏起来。李正亭教授为了保护图纸不幸受重伤，焦志新带着老师躲进表姐林倩如的医院里，李正亭将图纸郑重托付给焦志新后即被抓捕，而负责追捕他们的正是周伯勋——国民党108师的副官。
建筑学家苏云轩是李正亭教授的好友，他的日本妻子秀子带着大女儿苏小雅刚刚从日本回到北京。苏小雅毕业于美国麻省理工学院建筑系，苏云轩希望她将来能接自己的班。苏云轩的小女儿苏小枫酷爱音乐，学习钢琴演奏。苏小雅和苏小枫姐妹俩的个性反差极大，姐姐泼辣热情，妹妹温柔顺和。
周伯勋得到林倩如的信任去焦志新藏身的地方索要图纸被焦志新偷袭，随后赶到的宪兵队也扑了个空，108师稽查处处长侯天柱对周伯勋起了疑心。
焦志新在危急中将图纸埋在郊区河边，然后找到苏云轩教授告知了一切，苏云轩答应尽力帮助。焦志新在离开苏家后便遭追捕，他在黑暗的街道上奔跑躲藏着，却突然被一道明晃晃的车灯逼停在街当中，一排宪兵站立在他面前，周伯勋坐在吉普车内冷冷地盯着他，两人在沉默中对视。
密令1949分集介绍 第2集日本关东军的佐藤是国民党108师的俘虏，“X计划”中已经开掘出的部分地道就是由他负责实施的。他要求回国并把他的名字从战俘的名单中消除，侯天柱答应了他，条件是他必须将焦志新藏匿的图纸找回来。
周伯勋在侯天柱的监督下对焦志新执行枪决，他一枪命中焦志新，令侯天柱露出了满意的笑容。
当夜，大雨倾盆，昏迷中奄奄一息的焦志新被浇醒，他艰难地向前爬行，终于跌跌撞撞地离开了刑场……。
佐藤果然履约将图纸送回，侯天柱心中大喜。
林倩如和姑妈因为受焦志新一案牵连被关进看守所，周伯勋出面把她们保释出来。林倩如从报上得知焦志新被处决的消息当场昏倒。姑妈做出离京回老家的决定，临行前嘱咐倩如照顾好自己，最好能赶紧找个可靠的人结婚，她暗示林倩如周伯勋是个不错的人选。
苏家姐妹还沉浸在全家团聚的欢乐中，但她们却隐约感觉到了父母之间的不和。秀子在女儿面前掩饰着心中的痛苦，她唯一可以诉说的对象就是苏云轩的好朋友、教堂神父马约翰。
焦志新在好心老伯的护理下终于死里逃生，他醒后的密令1949分集介绍 第一件事就是去寻找他埋放的图纸，但图纸已经不在了。他又冒着危险找到苏云轩询问，苏云轩却告诉他从来没去取过图纸。焦志新大惑不解、疑心重重。北平地下组织负责人章少川找到他，让他专心养病，等待组织上的安排。
焦志新一直暗恋着表姐林倩如，想到追杀并对自己执行枪决的仇人周伯勋这时可能正和倩如打得火热，他感到既痛苦又愤怒，他决心报仇。在一个酒会上，焦志新对周伯勋的行刺顺利得手，但周伯勋在倒下的一刹那却对焦志新扣动了扳机……
密令1949分集介绍 第3集焦志新被警察前堵后追难以脱身，情急之中翻入酒会大宅的后花园里。陪同母亲来参加酒会的苏小雅碰巧看到焦志新奔逃而来，一把拽住他躲进了女盥洗室。在苏小雅的掩护下，焦志新得以逃脱。
焦志新的行为受到章少川的严厉批评，说他的刺杀行动差点给地下组织造成
巨大的损失。果然，密令1949分集介绍 第二天全城戒严进行大搜捕，章少川紧急安排将焦志新送出城去往解放区。
苏云轩好朋友的儿子史仲良一直在公司里给苏云轩当助手，他喜欢苏小雅并主动追求，小雅却觉得他们两人在一起并不合适。
林倩如得知周伯勋被刺的消息后赶到医院，以未婚妻的名义获得了看护周的权利，她还去教堂为周祈祷，希望周能脱离死亡线。在林倩如的精心护理下，周伯勋终于苏醒，但他看到林倩如时却让她马上离开，其后又再三拒绝林倩如的示爱，而林倩如只说等他痊愈后她就走。
苏云轩夫妻的关系越来越紧张，两人之间终于爆发了激烈的争吵，秀子一气之下决定独自回日本，两个女儿苦苦相求，苏云轩却并未阻拦。很快便传来了秀子所乘坐的客轮出事的消息，小雅在遇难者名单中见到了母亲的名字，悲痛欲绝。
侯天柱到医院看望周伯勋，告诉周伯勋将在报上刊登他不治身亡的消息，目的是让周改名换姓后能潜伏下来，周伯勋于是更名为冯秉堃。周伯勋突然向林倩如求爱，林倩如听了周伯勋的解释欣然接受。
佐藤以美国中央情报局远东分部少校谍报组长的面目返回北平，开了一家私人诊所，公开身份是牙医，东北人。
全国解放，已变身为医药贸易公司经理的周伯勋与林倩如在教堂举办了简单的婚礼。
苏云轩对秀子遭遇海难也感到十分意外，苏小雅大骂父亲太狠心并对他产生仇视，连苏小枫也觉得是父亲的错导致了母亲的死亡。
身着军服的焦志新回到北京，他报到的单位是北京市公安局侦查处，而章少川已是北京市公安局的副局长。
密令1949分集介绍 第4集章少川告诉焦志新，北京和平解放留下了大量残余敌特，为了保卫新生的红色政权，保卫首都的安全，除奸反特的任务十分艰巨。
焦志新回北京后到处寻找林倩如，但他一直未得到林的消息。一天，焦在穿行街道的人群中感觉到一张熟悉的脸，他一下子认出是周伯勋，待要追时发现周伯勋已经消失在人群中了。焦志新到公安局找章少川报告，碰上当年北平地下组织成员、现在已是公安局侦察科长的郑贤治，郑贤治说他肯定是看花眼了，周伯勋两年前已死。焦志新将信将疑。
苏小雅自从母亲死后与父亲的关系就变得十分紧张，她始终不肯原谅父亲对母亲的冷淡和粗暴，甚至认为母亲是被父亲逼死的。苏云轩努力想弥补与大女儿的关系但收效甚微。
史仲良对苏小雅提起两人的婚事，说只要小雅同意，他可以为她做任何事。小雅说她要等到母亲周年祭日后才会考虑，史仲良劝小雅与父亲和解。
佐藤威胁郑贤治为美国中央情报局做事否则就揭发他国民党特务的身份，郑贤治被迫答应。
公安局刑侦处在原国民党108师稽查处所在的小楼办公，一天，刑侦处一名干部在值班时被人暗杀。敌人半夜到此地干什么?焦志新怀疑这是108师隐藏下来的特务所为，章少川从内线得到消息说“x计划”的图纸就藏在小楼中，而敌人就是为取图纸而来。
侯天柱派冯秉堃去香港取电台，由于时间紧迫，冯秉堃未能与林倩如联系上。雨夜的冯家，冯秉堃未归也没有任何消息，林倩如心中焦急万分。
电闪雷鸣中，一个黑影潜入了刑侦处小楼。
密令1949分集介绍 第5集小楼中，值班的焦志新与郑贤治都听到了动静，两人追踪至地下室，却见两个黑衣人为抢图纸已打作一团。交战中，一黑衣人被当场击毙，焦志新与郑贤治均被打晕，而另一黑衣人侯天柱的手下黑三则带伤携图纸逃了。经查证，被击毙的黑衣人是美国中央情报局的间谍。
冯秉堃几天都没有音讯，林倩如因丈夫失踪而心神不定，决定去公安局报案，没想到在公安局的院子里竟意外地遇到了焦志新，二人劫后重逢百感交集。焦志新看到林倩如手上的戒指知道她已结婚，心中不是滋味。但当他问起表姐的丈夫时，林倩如却说他们俩不认识，并对焦志新隐瞒了冯秉堃失踪的真情。
苏小枫看见父亲拿了一箱子美金，她对此产生疑惑，苏云轩简单地搪塞过去。
林倩如跟随焦志新到他的单身宿舍，林倩如看出焦志新的情绪变化，借故离开。回到家，冯秉堃已在家中，向林倩如解释说急着去广州买仪器，而广州郊区又无法打电报，林倩如信以为真。林倩如说见到了表弟，冯秉堃犹豫了一下对林倩如说当年刺杀自己的人就是她表弟焦志新，林倩如坚决地认为这根本不可能。
密令1949分集介绍 第6集焦志新去颐和园勘察古建筑保护情况，为救落水的游人与苏小雅再次见面，二人忆起两年前焦志新刺杀冯秉堃时相识的情景，对建筑的志趣相投使两人的距离很快拉近。焦志新让小雅帮忙问苏云轩图纸的事，小雅答应。
苏小雅申请参加父亲的建筑修缮队，苏云轩很是高兴，父女关系有所缓和。
焦志新在路上碰见冯秉堃，紧追不舍并当街将冯秉堃拦住。冯秉堃说他是医疗器械公司的经理，不是什么周伯勋，焦志新则要把冯秉堃带回公安局，冯秉堃逃脱。回到局里的焦志新受到处长刘祥春的训斥。
章少川向苏云轩询问图纸的事，苏云轩闭口不谈。
焦志新约林倩如到咖啡馆见面，告诉林倩如当年负责抓捕并对自己实施枪决的凶手就是周伯勋。林倩如根本不信，她认为焦志新肯定是认错人了，她坚定地否认了冯秉堃即是周伯勋的说法。回到家，冯秉堃提醒林倩如以后少跟焦志新来往，林倩如疑惑重重。
组织上给焦志新派了个年轻的女助手，叫杨柳。
躲起来养伤的黑三被擦皮鞋的小女孩儿二妮子发现，报告给了公安局。
林倩如给冯秉堃的公司打电话想告诉他家里安了电话，公司的人说他已经几天都没去上班了，林又起疑心。
小雅画了张焦志新的素描被父亲看到，苏云轩提醒她对待感情问题要慎重。
密令1949分集介绍 第7集公安局对黑三实施监控，黑三却在杨柳的眼皮底下跑掉了，焦志新大骂杨柳。杨铁君到侦查科来找妹妹杨柳，焦志新认出他就是当年护送自己出北平的人，也知道了苏小枫是他的女朋友。
杨柳提出通过银行查找从境外汇来的大宗款项寻找线索的想法，焦志新予以支持。杨柳在查帐过程中遇到小学同学唐耀宗。
苏小雅来找焦志新，希望他能去参加妹妹的音乐会，焦志新听说苏云轩也会去，答应了。
佐藤要向侯天柱交付电台，约黑三在白宫舞厅见面。
唐耀宗约杨柳晚上见面过生日，杨柳答应。
冯秉堃公司的人送来广州邮寄来的物品中夹带的电子管，林倩如质问丈夫，冯秉堃糊弄她说这些都是用在医疗器械上的。
杨柳因要参加白宫舞厅的行动推掉了和唐耀宗的约会。郑贤治在最后时刻将消息通知了佐藤，佐藤想通知黑三已经来不及了。白宫舞厅，喝醉了酒的唐耀宗碰上乔装的杨柳，暴露了她的身份，黑三惊闻有人在“抓特务”，夺路而逃，被当场击毙。
林倩如在给冯秉堃烫衣服时发现了一张香港的发票，和冯秉堃说在广州给她买的毛衣是一个牌子，林倩如一下愣住了。
密令1949分集介绍 第8集苏云轩见女儿与焦志新来往日密，明确表态说不希望小雅与公安局的人打交道，小雅很不理解但坚持按自己的意愿行事。
杨柳和同事杜庆元去天津查帐被人跟踪遭暗算，杜庆元受重伤。
佐藤派人送来了电台，侯天柱同意与他们合作。
冯秉堃接到一张画有猫头鹰图案的明信片，他着急地奔出家门，林倩如追出，却被冯秉堃发现，他问林倩如是不是焦志新让她来跟踪的。
夜，林倩如发现冯秉堃用显影药水偷看信件，万分惊恐。想到与自己朝夕相处的丈夫竟然是个特务，林倩如心中甚是矛盾，她去教堂做了祷告，斗争再三，决定去公安局找焦志新检举冯秉堃。
林倩如来到公安局，专案组长刘祥春安排郑贤治出面接待林倩如。郑贤治把林倩如带来的药水、电子管等做了手脚，拿出鉴定报告说是因为林倩如太紧张所以产生了幻觉，劝走了林倩如。焦志新回来，得知林倩如来找过他，与刘祥春、郑贤治发生争执。刘祥春认为林倩如只是以报案为名想和焦志新约会，他再次警告焦志新不能假公济私，暗示焦志新对林倩如仍有恋情。
侯天柱提醒冯秉堃管住老婆林倩如，冯秉堃意识到自己与妻子的行动均在别人的掌握之中。
苏小雅找到焦志新，主动提出帮他复制古建图纸，焦志新欣然接受。
密令1949分集介绍 第9集林倩如直接询问冯秉堃的真实身份，两人冲突渐起。
苏小雅帮焦志新画图，两人四目相对拥抱在一起，但因为史仲良与苏小雅订婚在先，所以焦志新又理智地拒绝了小雅，小雅痛苦离开。
林倩如劝冯秉堃去公安局自首，冯秉堃答应考虑，但让林倩如不要再跟焦志新见面了。
焦志新给林倩如打电话，问她是不是有什么没说出来的苦衷，林倩如说她去公安局的事冯秉堃已经知道了，焦约林下午三点在咖啡馆见面。林倩如想起冯秉堃的嘱咐，打电话把她准备去见表弟的事告诉了冯秉堃，冯秉堃极力阻拦，说自己三点前一定赶回家，求林倩如一定要等他，林倩如同意。
三点，咖啡馆，冯秉堃与焦志新见面，冯秉堃警告焦离林倩如远点，说否则他会后悔的，说完转身即走。冯秉堃的背后，仇恨在胸的焦志新举起了手枪，但他自我斗争了半天，没有扣动扳机。
侯天柱探知了林倩如的种种行为，他命令冯秉堃用毒药将林倩如毒死。雨夜，冯秉堃徘徊在公安局的门口，与林倩如的往事历历在目……
回到家的冯秉堃对林倩如大发雷霆，林倩如感到绝望。冯秉堃却说决定听从倩如的劝告去公安局自首，林倩如潸然泪下，发誓会一直等着冯秉堃。
第二天，冯秉堃包下整个西餐厅和林倩如吃告别饭，在《友谊地久天长》乐曲的伴奏下，林倩如将毒酒喝下，倒在了地上。
林倩如的突然死亡使焦志新悲痛万分，他认定冯秉堃为了掩盖自己的特务身份而害死了表姐。林倩如的墓前，冯秉堃与焦志新扭打在一起。
密令1949分集介绍 第10集杨柳从天津返回，查出几笔大额汇款。她又调动唐耀宗的关系使线索更加清晰了，原来，这几笔汇款均是汇给史仲良的母亲方敏并由史仲良签领的。
苏小雅生病，焦志新去医院看望，小雅说她的病在心里，焦志新答应在她出院后给她一个满意的答复，二人紧紧拥抱，来医院看小雅的史仲良正好撞见了这一幕。史仲良质问焦志新为何破坏他和小雅的幸福，焦志新说选择谁是小雅的权利。
章少川阻止焦志新与苏小雅谈恋爱，说这是苏云轩教授的要求，焦志新说他想不通也不能服从，章少川则严厉地说这是命令。
苏小雅听说父亲阻挠他和焦志新好以绝食来反抗，苏云轩毫不妥协。几天后小雅又突然宣布同意与史仲良结婚，但希望马上举办婚礼。
焦志新接到小雅的结婚请柬，依约去颐和园和小雅见上婚前的最后一面，焦志新动情地说出“我爱你”，小雅爱恨交加地咬破焦的嘴唇，两人痛苦分手。
史仲良的母亲从香港赶回京准备参加儿子的婚礼。
密令1949分集介绍 第11集苏小枫和杨铁君在史仲良家帮助布置新房时发现了一架电台。就在苏家一家人准备密令1949分集介绍 第二天的婚礼时，焦志新等人找上了门并把不回答任何问题的史仲良带回了局里。当听说母亲因担心而昏倒后，史仲良主动交代了情况，说电台和他收的汇款都是苏云轩的。随即被请到公安局的苏云轩要求见章少川，他向章少川说明了电台和汇款的来历。
回到家的史仲良却没了急着结婚的热情，他说自己累了，想休息休息，小雅表示理解。
市委副书记约见苏云轩，说北京文物古迹的地道中有四处已预埋了炸药，请苏教授帮助工作以保护这些文物。
杜庆元接到郑贤治的一个老乡王福贵打来的电话，说住在丰台的一个小旅馆，郑贤治却说他不认识这么个人。
唐耀宗向杨柳求婚遭拒绝，唐说知道杨柳爱上了焦副科长，杨柳怒斥他胡说。
冯秉堃向侯天柱报告他调查来的佐藤的情况，侯天柱对冯秉堃大加赞赏。
婚礼的头天晚上，史仲良坚持一个人去教堂做一次忏悔。从教堂返回，当他心情轻松地打开新房的门时，却惊呆了。
密令1949分集介绍 第12集苏小雅新婚之日，焦志新神情落寞，杨柳小心地宽慰他。
婚礼在即，史仲良却突然失踪，苏云轩急得心脏病突发被送进医院。
找不到史仲良而父亲又住了院，婚礼是无法举行了。为怕出差归港的史父担心，小雅和小枫只得先把史母送回香港，一家人在车站凄凉道别。
小枫和杨铁君对家里发生的一系列事百思不得其解，趁着家里没人，他们俩又开始翻找起来，没想到竟真的让他们找出了反动传单和手雷等，他们报了警。
面对章少川，苏云轩说出了真相，他在抗战时期就利用自己的各种关系为八路军购买各种禁运物资。而妻子秀子是美国中央情报局的特务，她带着小雅回到中国后不断动员苏云轩参加他们的间谍组织，被苏云轩坚决拒绝。发现秀子偷盗了图纸后，苏云轩悄悄用假图纸换走了国民党特务急需的图纸并将其主要数据用暗号记录在自己的小本子上，因秀子遭遇了意外，又出于保护两个女儿的考虑，苏云轩本想让这些成为永远的秘密，但现在，他还是决定配合公安人员根据他当年所记录的数据，重新绘制出北京重点古建筑的结构，为公安人员寻找有关的地道、暗室提供资料。
深夜，冯秉堃接到一个匿名电话说林倩如并没有死，她的棺木是空的。
密令1949分集介绍 第13集林倩如死而复生，佐藤和侯天柱都得到了“绑匪”的消息，各自安排手下要抢先下手去赎人，想以此为砝码拉拢冯秉堃。
郊外，佐藤手下首先赶到，正要一手交钱一手交人时却发生意外，他们眼看着林倩如被“绑匪”击毙，只得撤退。等候天柱的人到了现场，那里已经一片狼藉，地上有两张林倩如被打死的照片。
佐藤给冯秉堃带回了林倩如已被撕票的消息，侯天柱也予以证实，冯秉堃异常愤怒。
林倩如与冯秉堃在农家小院相见，两人互叙思念之情。冯秉堃对倩如倾诉了他内心积压已久的矛盾，但他又非常清醒地告诉倩如，为了国家他宁愿牺牲个人的一切，林倩如流着泪表示理解，她为冯秉堃感到骄傲。刚相聚又要分别，公安局已决定把林倩如安排到安全的地方隐蔽起来，等冯秉堃的任务完成后他们才能再相见。林倩如紧紧地搂住丈夫，不愿松手。
杜庆元在报纸上看到王福贵被杀的消息询问郑贤治，郑贤治的态度令杜庆元产生了怀疑。焦志新知道此事后准备向刘祥春汇报。
章少川与冯秉堃秘密接头，让冯调查清楚郑贤治的身份。冯提出焦志新一直怀疑他，常常令他腹背受敌，章少川答应去控制一下焦志新。
密令1949分集介绍 第14集苏云轩让小枫去教堂看望生病的神父，小枫在教堂附近的小树林中发现了史仲良的尸体。因史仲良在结婚前一天曾去教堂祈祷，神父马约翰受到焦志新的盘问，神父只说他没有伤害过史先生。焦志新明显感到神父心中有不愿透露的隐情，他甚至认为冯秉堃可能与此事有关，章少川严厉批评了他的这种想法。
唐耀宗得不到杨柳的好感内心郁闷，他在侯天柱手下孙发奎的小酒馆喝酒时拿出偷来的杨柳照片夸口说她是自己的女朋友，孙发奎惊讶不已。唐在孙的引诱下赌博上了瘾。
苏云轩出面保释了马约翰，但神父对他也不愿说出自己的心事，苏云轩看着老朋友的样子已猜出了一二。
苏小雅到焦志新的宿舍找他告别，说以后两人就不要再见面了，焦志新一再追问，小雅只轻轻地说了句“我爱你”便转身走了。
美国中央情报局和国民党特务召开联席会议，公安得到消息准备其一网打尽，郑贤治积极要求参加行动，在出发时装作崴脚将公安出击的讯息传出，佐藤、侯天柱等人得以逃脱。郑贤治在战斗中将已对他产生怀疑的杜庆元打死。
冯秉堃去佐藤的诊所见到郑贤治，佐藤让郑在公安局内制造一起爆炸。
密令1949分集介绍 第15集侦查科开始了对郑贤治的监控，郑贤治有所察觉，他铤而走险，准备实施爆炸，被当场抓获后服毒自杀。
苏云轩对小雅提出质问，小雅在严厉的父亲面前承认是她杀害了史仲良，因为史仲良发现了她的秘密。苏云轩对女儿已堕落为一个杀人犯而感到万分痛心，他要求小雅去自首说否则他就去检举，小雅答应考虑考虑。
杨铁君通过自己研制的信号跟踪仪发现了可疑电波，他追踪到苏家并看到了正在发报的苏小雅，正惊讶时佣人赵妈已将他打昏。苏小雅和赵妈绑起杨铁军准备逃离。
苏小雅在离家前去偷拍父亲画的图纸，被苏云轩发现并阻拦，疯狂之中她竟对自己的父亲扣动了扳机。
小枫回家，看到血泊中的父亲，急送医院抢救。
唐耀宗欠了很多赌债，他想隐瞒真相向杨柳借钱，却被杨柳猜个正着。遭杨柳训斥后，他答应痛改前非。
密令1949分集介绍 第16集孙发奎对唐耀宗说侯天柱替他还了赌债，唐耀宗感激不尽，但他马上就知道了他们的目的，那就是让他加入他们的特务组织。等唐耀宗明白过来时，他已身不由己了。
苏小雅和佐藤接上了头，她以“大少爷”的身份正式露面，开始筹备实施“X计划”。
侯天柱的手下在西山茶馆开碰头会议，刘处长让杨柳去取情报，交代不要打草惊蛇，焦志新听说后主动陪同杨柳前往。焦志新在特务中发现冯秉堃，热血直往上涌，他要亲手抓住冯秉堃以证明他的怀疑。一通追踪、搏斗后，焦志新终于在杨柳的帮助下抓回了冯秉堃。
章少川得知冯秉堃被抓的消息后大怒，命令立即停止审讯并要求绝对保证冯秉堃的安全。接到指示的杨柳把焦志新从审讯室叫出，当焦志新不明所以地准备继续对冯秉堃进行审讯时，杨柳含着眼泪掏枪阻止了他的冲动。
章少川向焦志新公布了冯秉堃的卧底身份，焦志新无法相信当年亲手逮捕他并对他执行枪决的会是自己的同志，虽然心中仍有百般不解，他还是与冯秉堃握了手，也得知了苏小雅的特务身份。
密令1949分集介绍 第17集苏云轩经过抢救脱离危险，但女儿堕落为间谍使他感到非常伤心和自责。苏小枫也从父亲嘴里得知了苏小雅的所作所为，她难以相信她一直崇拜的姐姐会是个特务。
杨柳从焦志新那儿看到已被毁坏的哥哥的汽车照片，心中焦急万分，四处寻找也没有结果。她到苏家几次才碰上苏小枫，知道苏云轩住院的情况。两人对杨铁君的失踪担心更甚。
唐耀宗被孙发奎逼迫着到杨柳处探听情报，却被机警的杨柳看出了破绽。刘处长与焦志新商量着利用唐耀宗把押解冯秉堃的假情报传送给特务。
杨铁君被苏小雅关押在郊外的一所房子里，他找机会刺伤了赵妈，破坏了电台并带着发报的密码本逃跑了。
杨柳和苏小枫跟随焦志新见到杨铁君，小枫激动地扑进杨铁君的怀里。
焦志新去监狱见冯秉堃，说明设计把他送回敌人内部的行动计划，但他还是解不开表姐被害死的心结。冯秉堃告诉他林倩如并没有死，在组织上的周密安排下，林倩如得以逃脱敌人的迫害并已安全隐蔽起来，焦志新如梦方醒。
侯天柱和佐藤果然组织了劫车，冯秉堃又重新打回到特务内部。
密令1949分集介绍 第18集佐藤设宴给冯秉堃接风，苏小雅对冯秉堃表示出极大的怀疑，她说这种被抓又被放了的人最危险。
半夜，唐耀宗被人抓走，苏小雅亲自对他行刑，逼问是不是公安让他透露冯秉堃被押解的消息，唐耀宗经不起折磨，受惊吓而死。
为了转移公安方面对文物古迹保护的注意力，苏小雅决定去发电厂制造一起爆炸案，以造成全市大停电，也为他们趁黑夜前往秘密炸药库做准备。她点名让侯天柱派冯秉堃和孙发奎跟她去行动。
苏小雅带着田中和孙发奎进了厂房，冯秉堃放走了维修工人并用扳手将自己打得头破血流，苏小雅疑心重重。
接到紧急报案，焦志新和杨柳火速赶往发电厂，在爆炸前成功拆除了炸弹引擎并将炸弹于厂外引爆，用以迷惑敌人。
当苏小雅等人回到城里时，广播中正插播着公安局的紧急通告：今天下午敌人在发电厂制造了一起爆炸，我们现已启动备用发电设备，号召全市人民群众提高警惕，粉碎敌人的破坏阴谋。苏小雅看着冯秉堃，脸色阴沉。
敌人的电台中发出了要对冯秉堃处以极刑的内容，焦志新认为这是敌人故意安排对冯秉堃的考验，刘祥春则认为他是因个人原因而对冯秉堃见死不救，二人争吵。章少川决定让焦志新做这次行动的现场指挥。
密令1949分集介绍 第19集冯秉堃在公园内取到情报后，两个形迹可疑的人朝他走去。埋伏在四周的公安人员都紧张地等待现场指挥发出营救的信号，但隐蔽在花棚中的焦志新紧张地注视着外面的动静，阻止了刘处长发出信号的行动。果然，佐藤和苏小雅此时也正在附近小楼顶上用高倍望远镜监视着冯秉堃及四周人员的一举一动。冯秉堃终于经受住了“考验”，满头大汗的焦志新也深深地松了一口气。
林倩如秘密回京，她向表弟焦志新提出想见冯秉堃的请求，因为她怀孕了。焦志新答应替她寻找机会，并把她安排在饭店住下，派专人进行保护。
苏云轩出院回家，在街上，他无意中认出了与他擦肩而过的佐藤。他尾随着佐藤，看着他进了他的牙科诊所。
在焦志新的安排下，林倩如躲在街角看到了她朝思暮想的丈夫。在回饭店时，她被跟踪了。
苏小雅设宴为冯秉堃压惊，二人痛饮。借送苏小雅回家之机，冯秉堃得知了炸药库的方位，他叫来焦志新，二人直奔而去，却发现那里的炸药箱里全是石头。焦志新认为冯秉堃已经暴露了，但冯秉堃坚持要回特务们的秘密联络点去。
守护林倩如的公安被杀，林倩如失踪了。
根据特派员“毒蝎”的指示，苏小雅要将一部分炸药存放在教堂里，遭到神父马约翰的坚决反对，特务将马约翰打伤并关进了教堂地下室内。
密令1949分集介绍 第20集冯秉堃回到秘密联络点，却看到林倩如被推到了他的面前。苏小雅为了再次考验冯秉堃，要求他当场开枪打死林倩如，当冯秉堃在特务的包围中被迫按动扳机时才发现枪膛里并没有子弹，佐藤等笑着说佩服冯秉堃的大义灭亲，他们要留着林倩如做更大的用处。
得知敌人把炸药藏在教堂的消息后，冯秉堃放下对林倩如的挂念立即赶去教堂。他在教堂地下室营救出马约翰，但特务们也跟随而来。马约翰打开地下室暗道的门，帮助冯秉堃撤走，他自己则被孙发奎等人追赶着，幸有助手小哑巴故意引走特务才得以逃到苏家。在苏云轩的鼓励劝说下，他向公安局报了案。
冯秉堃赶到公安局报告了炸药的埋藏地点后，赶回秘密联络点准备营救林倩如，但特务们早有准备，枪战中林倩如倒在了冯秉堃的怀中。
医院，冯秉堃焦急地守候在手术室外。杨柳送来了林倩如留在饭店里的日记本，翻看着妻子的日记，冯秉堃潸然泪下。
林倩如没能被抢救过来，冯秉堃悲痛欲绝，扑倒在妻子的身上。
密令1949分集介绍 第21集当焦志新率领公安人员赶到教堂时遇到正准备转移炸药的苏小雅，焦志新亲自将苏小雅押上了警车，但在途中苏小雅却突然装病骗过了焦志新逃脱。
离国庆节只有四十八小时了，公安人员们心急如焚。
苏云轩突然收到匿名警告信，威胁他不要参与目前事件，他对照信封上的字迹，感觉到信纸上散发出特殊的香味，他突然意识到秀子可能并没有死。
苏云轩找到佐藤，让他带话给小雅要她回家，佐藤不置可否。苏云轩冷冷地警告佐藤，他已经知道秀子没有死，但他让佐藤转告秀子离自己的女儿远些，佐藤装疯卖傻似乎一无所知。
苏小雅接到“毒蝎”准备接见她的通知，她赶到白云寺去见特派员，才发现原来“毒蝎”就是母亲秀子，秀子制造了自己在海难中死亡的假像后，作为美国中央情报局的特派员潜伏下来指挥“黑蟒行动”。秀子把一颗美国制造的定时炸弹交给苏小雅，亲自给苏小雅布置了任务，准备在十月一日天安门游行时于游行队伍中制造大爆炸，并告诉小雅万一失手，她会亲自完成这一计划为女儿报仇的。
回诊所的佐藤被埋伏在这里的焦志新和冯秉堃逮了个正着。
苏小雅夜里潜回家中窃走了父亲参加游园活动的游园证，但被惊醒的小枫发现。小枫和住在苏家的马约翰追踪苏小雅而去，苏云轩立即向公安局报案。
密令1949分集介绍 第22集(大结局)苏小雅拿着游园证进入了中山公园。接到报告的焦志新和冯秉堃也随即赶到，开始对公园进行搜索。
马约翰首先发现了苏小雅的行踪，他拦住小雅劝她悬崖勒马，但苏小雅却把尖刀刺向了马约翰。当苏小雅把枪口对准企图制止自己的苏小枫时，焦志新及时赶到将苏小雅抓获。
苏小雅被捕后拒不交代炸药藏在哪里，但冯秉堃和焦志新还是从蛛丝马迹中分析出炸弹被安放在了彩车上，气急败坏的苏小雅被杨柳押送回了公安局。
经爆破专家鉴定，定时炸弹无法在短时间内拆除，焦志新当机立断，决定自己开车把炸弹运送到离北京最远的荒郊爆炸，他不顾其他人的拦阻开车向郊外驶去。
马约翰从昏迷中醒来向冯秉堃报告，苏小雅说即使她失败还有第二方案，她妈妈会为她报仇。冯秉堃突然想起苏云轩曾怀疑秀子还活着，他拉上苏小枫赶回家，向苏云轩询问了秀子的一些情况，拿着秀子的像片赶到了白云寺。
郊外山路上，追踪焦志新而来的杨柳被巨大的爆炸声惊呆了，它哭着扑向浓烟中，却看见浑身被熏黑的焦志新从烟火中钻了出来，她不顾一切地冲上去搂住了他。
苏云轩在小枫的陪同下去公安局见苏小雅，但小雅死不悔改的嚣张气焰使苏云轩几于愤怒。但就在这时他突然醒悟到，曾经在澡堂里见到过的老太婆可能就是秀子化妆装扮的，他立即向刚刚赶回公安局的焦志新做了报告。
与此同时，冯秉堃也在白云寺里发现了秀子化妆成澡堂老太婆的服装，他风驰电掣般地赶往位于南池子的“为民浴室”。
冯秉堃和焦志新几乎同时到达了“为民浴室”，经过一场激战将特务击毙后冲进浴池，但却发现整个澡堂已经成了一个炸药库……
焦志新、冯秉堃、杨柳和其他公安人员同时举枪对准了秀子，而身穿和服的秀子却突然解开外套，亮出了她绑满全身的炸药和雷管。秀子提出：立即释放她的女儿苏小雅，否则她就引爆炸弹，到时候不仅墙外的劳动人民文化宫将被炸毁，连天安门城楼都有可能被炸塌。双方僵持着……
就在这时，刚刚和父亲一同赶来的苏小枫挤进了浴池，当她看到被持枪的公安战士团团围住的母亲时，她痛苦地喊了一声“妈……”秀子听到苏小枫的喊声下意识地一愣，就在这时一声枪响，子弹正中秀子眉心……。
胜利了，冯秉堃独自一人来到林倩如的墓地探望妻子和孩子，他眼含热泪对妻子诉说着……
景山顶上，面对一片金光灿灿的故宫琉璃瓦，冯秉堃从章少川局长那里接受了新的任务……(全剧终)
